Đến năm 1915, vì bị cảnh sát và các tay thích khách của Viên Thế Khải săn đuổi ráo riết nên Tưởng và Trần Kỳ Mỹ phải bỏ trốn sang Nhật Bản một lần nữa. Tuy nhiên hai người vẫn bí mật lén về Thượng Hải để tổ chức những cuộc nổi dậy, cướp phá và ám sát. Trần Kỳ Mỹ đã leo lên tới địa vị Chủ tịch Ủy ban Trung ương trong tổ chức Quốc dân đảng của Tôn Dật Tiên, và trở nên nhân vật số hai của phong trào cách mạng chống lại đế chế của Viên Thế Khải. Tất cả mọi âm mưu ám sát Trần Kỳ Mỹ của Viên Thế Khải đều thất bại, cho đến ngày 18- 5- 1916 thì các chuyên viên ám sát của Viên Thế Khải thành công lẻn được vào tư thất bí mật của Trần Kỳ Mỹ tại trụ sở cách mạng trong tô giới Pháp, và bắn chết Trần Kỳ Mỹ tại chỗ.
Cái chết của Trần Kỳ Mỹ là một đòn cực mạnh đối với Tưởng Giới Thạch, vì Trần Kỳ Mỹ vốn là người đỡ đầu cần thiết cho Tưởng. Năm đó Tưởng mới có 30 tuổi và bỗng chốc mất đi người anh kết nghĩa, một người đồng chí thân cận nhất, và một nhà cách mạng kiểu mẫu cho Tưởng.Trong bài diễn văn đọc trước linh cữu Trần Kỳ Mỹ, Tưởng đã kêu thống thiết: "Than ôi! Từ nay tôi biết tìm đâu được một người hiểu tôi và yêu thương tôi sâu xa như đại ca!" Và dường như ám chỉ những lời chỉ trích mình về những thói hư tật xấu hay nóng giận, rượu chè, và sa ngã chốn thanh lâu, Tưởng kể lể: "Tôi không bao giờ quan tâm đại ca có tin những lời bịa đặt người ta nói về tôi lúc đại ca còn sống hay không. Điều quan hệ nhất của tôi là bây giờ tôi có một lương tâm thanh thản khi đại ca đã chết." Sau đó Tưởng đem người cháu ruột của Trần Kỳ Mỹ là Trần Quả Phu làm người tâm phúc cho mình.
Tưởng đã che chở cho hai anh em Trần Quả Phu và Trần Lập Phu trở thành những nhân vật quyền thế của mình. Hai anh em nhà họ Trần cũng tạo được những sản nghiệp chính trị và tài chánh chỉ thua gia đình nhà họ Tống thôi. Cả hai người đều trung thành với Tưởng cho tới lúc chết. Điều làm Tưởng đau tiếc nhất là chỉ vài tuần lễ sau khi Trần Kỳ Mỹ bị người của Viên Thế Khải ám sát chết, thì chính Viên Thế Khải cũng chết vì quá uất ức khi tham vọng làm hoàng đề không thành tựu, và bị truất hết quyền lực chính trị. Sau cái chết của Trần Kỳ Mỹ, Quốc dân đảng điều chỉnh lại nhân sự, và Tưởng Giới Thạch nổi bật, trở thành nhân vật thứ nhì trong Quốc dân đảng, chỉ đứng sau Tôn Dật Tiên.
Kể từ ngày kết hôn với Tôn Dật Tiên, Khánh Linh bao giờ cũng xuất hiện trước công chúng cùng với Tôn Dật Tiên, và những người đi theo Tôn Dật Tiên cũng chấp nhận sự hiện diện của Khánh Linh. Tuy nhiên người Trung hoa chia làm hai phe trước cuộc hôn nhân của Tôn Dật Tiên và Khánh Linh. Những người thuộc lớp già coi cuộc hôn nhân là một điều ô nhục cho đại cuộc, trong khi giới trẻ thì hoàn toàn tán đồng cuộc hôn nhân.
Tin tức về Khánh Linh lan tới tận Tứ Xuyên, và giới sinh viên tại đó nghe nói về một sinh viên xinh đẹp du học Hoa Kỳ, con nhà họ Tống, một gia đình bạn thân nhất của Tôn Dật Tiên. Họ hoan hô lãnh tụ của họ đã kết duyên với người nữ sinh viên họ Tống. Họ tin rằng Tống Khánh Linh sẽ giúp Tôn Dật Tiên rất nhiều trong những chương trình cải cách của ông. Hơn nữa sự coi thường những quan niệm cổ truyền của Tôn Dật Tiên rất phù hợp với tinh thần trẻ trung cởi mở của họ. Trong mấy năm đầu sau khi Viên Thế Khải chết rồi, trong khi Lê Nguyên Hồng trở thành tổng thống, và các tỉnh của Trung hoa nằm trong tay các sứ quân, thì Tôn Dật Tiên vẫn lận đận, không hoàn thành được điều gì, và phải về sống tại Thượng Hải chờ thời cơ.
Vào mùa thu năm 1917, Tôn Dật Tiên và Khánh Linh quyết định cuộc cách mạng phải có một căn cứ mạnh tại miền nam. Quảng Đông lúc đó nằm trong tay sứ quân Trần Quýnh Minh, độc lập với Bắc Kinh và là bạn của Tôn Dật Tiên. Tôn Dật Tiên và Khánh Linh xuống Quảng Đông và thiết lập một chính phủ cách mạng tại đó. Trước kia chính Tôn Dật Tiên bổ nhiệm Trần Quýnh Minh làm tổng đốc Quảng Đông và gần đây Trần Quýnh Minh thành công đánh bại được sứ quân Quảng Tây, và chiếm được Quảng Tây. Tháng 11, Tôn Dật Tiên cử Tưởng Giới Thạch làm cố vấn quân sự. Nhiệm vụ thực sự của Tưởng là chỉ huy về an ninh và liên lạc cho Tôn Dật Tiên. Trong chức vụ này, Tưởng đi khắp nơi với những nhiệm vụ bí mật, và mặc thường phục.
Quân đội Quảng Đông do sứ quân Trần Quýnh Minh chỉ huỵ Các sĩ quan dưới quyền của Trần Quýnh Minh đều là người miền nam và nói tiếng Quảng Đông. Họ bất mãn trước những mệnh lệnh của Tưởng Giới Thạch, một người họ cho là kỳ khôi với cái đầu như hạt đậu phọng và chỉ nói được thổ âm Chiết Giang mà họ không thể hiểu được. Nhiệm vụ của Tưởng đối với quân đội Quảng Đông quả thực hết sức khó khăn. Chỉ có một khu vực gần thành phố Quảng Châu là phe Tôn Dật Tiên mới thực sự kiểm soát được. Hơn nữa Quảng Đông vẫn còn bị bao vây bởi những sứ quân còn trung thành với Bắc Kinh. Tôn Dật Tiên biết rằng cần phải củng cố được sức mạnh quân sự trước khi có thể làm được việc lớn. Tôn Dật Tiên mướn lính đánh thuê của các sứ quân khác, của các bang hội, của các đảng cướp và ngay cả binh sĩ của chính phủ. Những binh sĩ này chỉ trung thành với ai trả tiền cho họ. Tôn Dật Tiên cần phải có quân đội riêng, chứ không thể dựa vào những quân đội đánh thuê mãi được. Muốn có quân đội riêng thì cần phải có tiền nhiều để trả lương và tổ chức huấn luyện.
Vì quan tâm tới vấn đề tài chánh nên Tôn Dật Tiên giao phó công việc hàng ngày cho một số thuộc hạ. Thuộc hạ của Tôn Dật Tiên thì những người giỏi đã bị ám sát hết, chỉ còn lại rặt những hạng bất tài mà cứ tưởng mình là thần thánh. Trong hoàn cảnh đó, Tôn Dật Tiên càng ngày càng phải nhờ cậy đến Tưởng Giới Thạch nhiều hơn, và thường mời Tưởng từ Thượng Hải xuống để giải quyết giúp ông nhiều vấn đề quan trọng. Tưởng không thích những công việc dọn dẹp lặt vặt này, nên mỗi lần chỉ ở lại Quảng Châu vài ngày rồi lại vội vàng trở về Thượng Hải. Tưởng rất thân thiện với nhà triệu phú Curio Trương và Đỗ Đại Nhĩ. Cả ba người tổ chức thị trường chứng khoán tại Thượng Hải, và tạo ra được rất nhiều tiền trợ giúp Tôn Dật Tiên. Những số tiền gửi tới Tôn Dật Tiên đều do Đỗ Đại Nhĩ và Curio Trương ký tên, nên từ đó vai trò của hai người này càng thêm uy thế trong Quốc dân đảng.
Năm 1921, Tưởng Giới Thạch bị tiếng sét ái tình đầu tiên khi gặp Trần Khiết Như, một người đàn bà vô cùng khéo léo, không bó chân và rất khôn ngoan bặt thiệp. Tưởng ly dị người vợ cả, đuổi người ca kỹ Diêu Di Thành để kết hôn với Trần Khiết Nhự Thực ra Trần Khiết Như trước kia thuộc quyền của Đỗ Đại Nhĩ. Tháng 11 năm 1921, hôn lễ của Tưởng và Trần Khiết Như được cử hành theo nghi lễ Phật giáo, và Trần cô nương trở thành đệ nhị phu nhân Tưởng Giới Thạch.
Nhưng chỉ một ít lâu sau đó, trong một đêm dạ vũ do Tống Tử Văn tổ chức ăn mừng Giáng Sinh, Tưởng Giới Thạch gặp một thiếu nữ trẻ đẹp, trí thức, linh động và có nhiều liên hệ với các phe nhóm chính trị và kinh tài quan trọng: Người đó là Tống Mỹ Linh, em gái Tôn Dật Tiên phu nhân. Mỹ Linh cũng còn là em gái Ái Linh, người đang hợp tác kinh tài rất chặt chẽ với Đỗ Đại Nhĩ. Tưởng vô cùng hối tiếc đã kết hôn với Trần Khiết Như quá vội vàng, và tiếc không gặp Tống Mỹ Linh sớm hơn. Tuy nhiên, Tưởng không bao giờ bỏ lỡ cơ hội để mất một người có thể đem về cho mình rất nhiều điều lợi, cả về chính trị và tài chánh như Tống Mỹ Linh. Tưởng lập tức đặt ra một kế hoạch lâu dài để chinh phục Tống Mỹ Linh.
Cuối tháng 12 năm đó, khi đi Quảng Đông theo lời mời của Tôn Dật Tiên, Tưởng không quên đưa vấn đề được giới thiệu với Tống Mỹ Linh ra nói với Tôn Dật Tiên. Tưởng cho biết đã ly dị vợ cả, và đuổi Diêu Di Thành rồi, nhưng Tưởng cố tình không cho Tôn Dật Tiên biết cuộc hôn nhân mới của mình với Trần Khiết Nhự Tưởng kể cho Tôn Dật Tiên biết như thế để chứng tỏ mình đã quyết tâm chỉnh đốn lại đời sống, mở một trang đời mới, và dành hết tâm huyết cho công cuộc cách mạng, và sẵn sàng nhận lãnh những trách nhiệm lớn hơn. Cuối cùng Tưởng hỏi Tôn Dật Tiên, "Thưa sư phụ, bây giờ tôi không có vợ, sư phụ có nghĩ rằng Tống Mỹ Linh sẽ chấp nhận lời cầu hôn của tôi không? "
Tôn Dật Tiên suy nghĩ một lúc rồi thành thực trả lời Tưởng rằng ông không nghĩ Tống Mỹ Linh sẽ chấp nhận lời cầu hôn của Tưởng. Nhưng Tôn Dật Tiên hứa sẽ bàn lại với vợ. Khi Tôn Dật Tiên bàn với vợ về vấn đề Tưởng muốn cầu hôn với Tống Mỹ Linh thì bà Khánh Linh bừng bừng nổi giận. Bà rít lên thà bà thấy em gái bà chết đi còn hơn là lấy một người mà bà cho là vô tư cách đến như Tưởng Giới Thạch. Tuy nhiên một người như Tưởng Giới Thạch không dễ gì đầu hàng mọi khó khăn mà chưa phấn đấu, nhất là con mồi Tống Mỹ Linh hứa hẹn rất nhiều lợi lộc to lớn mà Tưởng đang thèm muốn.